A estrutura operacional da Valor Ambiente é composta por um Conselho de Administração, com três elementos, um Secretariado de apoio ao Conselho e três Departamentos - Administrativo/Financeiro, Jurídico e Técnico, sendo que cada Departamento, por sua vez, está dividido em diversas Áreas.
Os colaboradores da empresa exercem funções na respectiva sede e nas cinco instalações - Estação de Tratamento de Resíduos Sólidos, Estação de Transferência de Zona Oeste, Estação de Transferência da Zona Leste, Estação de Triagem e Centro de Processamento de Resíduos Sólidos - localizados respectivamente na Meia Serra, Meia Légua, Porto Novo e Porto Santo.